Avviare il Perl applicazione editore . Si può utilizzare un semplice editor di testo , ad esempio Blocco note . È necessario salvare il file con estensione " . Pl " per indicare che si tratta di un programma Perl .
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Estrarre una sequenza da un file di più FASTA eseguendo pattern- matching Perl , digitando il codice riportato di seguito in all'editor:
# /usr /bin /perlmy $ fasta_seq = shift; my $ sequenza = shift; my $ file di lavoro = `cat $ fasta_seq ` ; my ($ fasta_seq ) = ! $ file di lavoro = ~ /( > $ sequenza [ ^ > ] + ) /s ; print $ fasta_seq ;
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estrarre le sequenze dal file FASTA utilizzando BioPerl . È possibile estrarre sequenze multiple digitando il codice riportato di seguito in all'editor:
# /bin /perl - w
uso Bio :: SeqIO ;
$ sequenceobject = Bio ! :: SeqIO - > new ( - file = > " fasta_file_path " , - format = > " FASTA " ) ;
Il Bio :: modulo SeqIO fornisce l'elaborazione sequenza senza soluzione di continuità . È possibile recuperare una singola sequenza utilizzando la seguente istruzione :
$ retrievedsequence = $ sequenceobject - > next_seq ;
È possibile scorrere l'oggetto e recuperare più sequenze , come segue :
while ( $ retrievedsequence = $ sequenceobject - > next_seq ) {print $ retrievedsequence - > seq , " \\ n"; }
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estrarre le sequenze dal file FASTA utilizzando il applicazione " Biopieces ", che è quadro che contiene una serie di strumenti modulari per la manipolazione dei dati bioinformatica . Si esegue il comando Biopieces alla riga di comando
read_fasta -i fasta_file
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