In Puppy Linux, la shell della riga di comando predefinita è la shell BusyBox, nota anche come ash. Si tratta di una shell leggera e versatile che fornisce funzionalità standard della riga di comando di Linux. Altre shell comunemente usate in Puppy Linux includono la shell Bash (Bourne-Again SHell) e Zsh (Z Shell). Gli utenti possono passare facilmente da una shell all'altra modificando la variabile d'ambiente SHELL o invocando la shell desiderata direttamente dal terminale.