Non esiste alcuna modalità operativa che possa essere utilizzata per eseguire direttamente le applicazioni Windows 98 installate su Windows Vista. Le applicazioni progettate per Windows 98 non sono compatibili con Windows Vista e non possono essere eseguite su di esso. Ciò è dovuto ai cambiamenti e ai miglioramenti significativi introdotti nel sistema operativo Windows da Windows 98 a Windows Vista.