Le dimensioni dei file FLAC variano a seconda del contenuto audio, ma in genere sono più grandi dei file MP3. La dimensione media di un file FLAC può variare da 20 a 50 megabyte (MB) per minuto di audio, mentre un file MP3 della stessa lunghezza potrebbe essere compreso tra 3 e 5 MB. Inoltre, la dimensione di un file FLAC può essere influenzata dalla frequenza di campionamento, dalla profondità di bit e dal numero di canali.