Pro Tools supporta anche altri formati di file, come WAV (Waveform Audio File Format), BWF (Broadcast WAV File Format), CAF (Core Audio Format), SDII (Sound Designer II), MP3 (MPEG-1 Audio Layer 3), e AAC (codificazione audio avanzata). Questi formati variano in termini di compressione, qualità e compatibilità con diversi software e dispositivi audio.
A seconda dei requisiti specifici del progetto, come considerazioni sulla compatibilità, sulla qualità e sulla dimensione del file, gli utenti possono scegliere il formato file appropriato durante l'esportazione o l'importazione di file audio in Pro Tools.
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