Come estrarre le voci da più - Fasta Perl Files

Il formato del file FASTA è utilizzato per memorizzare i dati della sequenza di acidi nucleici o peptidi . Sequenze multiple possono essere memorizzati in un unico file , denominato file multi- FASTA . Dati di sequenze sono formattati come una breve riga di intestazione che identifica la sequenza e la sequenza di dati a seguito di una nuova linea . Individuando le intestazioni di sequenza in un file multi- FASTA con comandi Perl , è possibile estrarre le singole sequenze da un file multi- FASTA . Istruzioni
1

Aprire un editor di testo con un file di testo vuoto per cominciare un nuovo programma Perl .
2

Iniziare il programma specificando la posizione del Perl sul vostro sistema . Questo è normalmente " /usr /bin /perl " o " /usr /local /bin /perl . "

# ! /Usr /bin /perl
3

Importa la "rigorosa " e " :: file basename " librerie . La libreria " File :: Basename " supporta l'analisi dei percorsi di file e le estensioni . La biblioteca "rigorosa " limita costrutti non sicuri , gettando un errore durante la compilazione , piuttosto che in fase di esecuzione .

Uso File strictuse :: Basename
4

Leggi la variabile argomento da linea di comando . Il vostro programma , se si sceglie di chiamarlo " fasta_extract.pl , " si aspettano di essere data la posizione di un file e parametri di FASTA di scegliere le sequenze da estrarre. Il primo parametro sarà un nome di file FASTA e il secondo sarà una stringa per il pattern matching . Variabile argomento si accede dal " $ ARGV " matrice

mio fasta_file $ = $ argv [ 0 ] ; . My $ pattern = $ argv [1 ] ;
5

Aperto il file FASTA con la funzione " open () " . Potrete specificare il programma di smettere se non può aprire il file utilizzando il comando " die"

aperto ( INPUT , $ fasta_file )

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