Oltre ai microscopi e alle piastre di Petri, i computer sono uno strumento importante per i microbiologi. Il software per la ricerca in microbiologia comprende strumenti utilizzati da altre discipline scientifiche e ingegneristiche, nonché applicazioni specializzate per lo studio di batteri e altri microrganismi. Molte applicazioni sviluppate da agenzie governative, fondazioni senza scopo di lucro o ricercatori accademici sono disponibili come software gratuito da scaricare e utilizzare quando l'esperimento o il laboratorio richiedono.
Strumenti di visualizzazione
Un'immagine fisica o mentale di i dati grezzi che raccogli potrebbero aiutarti a coglierne meglio la qualità, il significato e le implicazioni. Il software di visualizzazione di dati commerciali e open source è ampiamente disponibile per la ricerca in microbiologia. Crea diagrammi e grafici dei tuoi dati usando LibreOffice Calc, Microsoft Excel o il sistema di visualizzazione dei dati Mondrian. Le applicazioni Cell-O e RasMol ti aiutano a creare modelli animati in 2D e 3D di molecole biologicamente significative come proteine e aminoacidi.
Modellistica matematica
Grandi raccolte di dati microbiologici spesso forniscono informazioni più significative una volta che hanno Pacchetti software MATLAB, Octave e SciPy che eseguono perfezionamento, analisi e modellizzazione matematica dei dati degli scienziati. Utilizzare questi pacchetti per eseguire la stima dei parametri mediante adattamento della curva, previsioni epidemiologiche, simulazioni di crescita batterica e eliminazione del rumore dei dati o dell'effetto stocastico. Queste applicazioni eseguono anche calcoli statistici, come l'analisi della varianza o i test del Chi-quadrato.
Genoma Bioinformatica
Le applicazioni software di microbiologia ti aiutano anche a visualizzare e estrarre informazioni dalla sequenza di acidi nucleici che compongono un micro- DNA dell'organismo. La Open Bioinformatics Foundation offre applicazioni gratuite di sequenziamento e analisi del DNA open source come BioJava e Biopython che estraggono dati dalle banche di informazioni sul genoma, analizzano il codice DNA di un organismo e lo confrontano con altri campioni di DNA. Ulteriori pacchetti di analisi del genoma includono Emboss, HMMER, Clustal Omega, Phylogeny Inference Package o PHYLIP e Sequence Manipulation Suite o SMS.
Software di riferimento
Il rapido ritmo della scoperta scientifica nella microbiologia e nel cambiamento del governo la regolamentazione rende essenziale che i microbiologi abbiano pronto accesso alle informazioni che incidono sul loro lavoro. HUGO è un pacchetto software commerciale che fornisce ai microbiologi informazioni aggiornate su strumenti, prodotti chimici, attrezzature, mezzi di coltura, requisiti di sicurezza, nuovi organismi, cambiamenti tassonomici e antibiotici. Inoltre, i microbiologi che lavorano nel campo delle scienze alimentari possono utilizzare l'applicazione Web ComBase Browser per accedere ai dati microbiologici relativi all'alimentazione forniti da agenzie governative nel Regno Unito, in Australia e negli Stati Uniti.
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