Le isole segrete programmate nella "Pokemon: Emerald Version" di Nintendo non sono accessibili attraverso un gioco onesto. Nintendo intendeva per i giocatori ottenere biglietti, che potevano essere letti con un e-reader, per questi livelli attraverso eventi locali. Questi eventi sono ormai rari per gli anni inesistenti dopo l'uscita del gioco. I giocatori devono portare un biglietto segreto o un elemento della mappa, accessibile solo tramite codici di gioco, sul traghetto a Lilycove City per accedere alle isole segrete.
Isola del Sud
Per ottenere il passaggio verso l'isola meridionale, i giocatori devono portare l'oggetto del biglietto Eon sul traghetto Lilycove City. L'isola è composta da due schermi. Il secondo contiene una piccola foresta e un Pokemon segreto. Latias o Latios appaiono nella foresta, a seconda di quale dei due Pokemon il giocatore abbia già incontrato. Un giocatore con un dispositivo Action Replay può programmare l'Eon Ticket nel gioco con il codice "0A
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