I file PDB sono file di testo semplice, quindi puoi aprirli con qualsiasi editor di testo, come Blocco note o WordPad. Tuttavia, non sarai in grado di visualizzare la struttura 3D della molecola in un editor di testo.
Sono disponibili molti visualizzatori PDB diversi, sia gratuiti che commerciali. Alcune opzioni popolari includono:
- PyMOL: Un visualizzatore PDB gratuito e open source con un'ampia gamma di funzionalità.
- VMD: Un visualizzatore PDB gratuito e open source particolarmente adatto per la visualizzazione di molecole di grandi dimensioni.
- Chimera: Un visualizzatore PDB commerciale noto per la sua interfaccia intuitiva e l'ampio set di funzionalità.
Per aprire un file PDB in un visualizzatore PDB, seleziona semplicemente la voce di menu File> Apri e cerca il file PDB che desideri aprire. Il visualizzatore PDB caricherà quindi il file e visualizzerà la struttura 3D della molecola.
Esistono anche numerosi browser Web in grado di visualizzare file PDB. Alcune opzioni popolari includono:
- Banca dati sulle proteine RCSB: Il sito web ufficiale della Protein Data Bank, che ospita un'ampia raccolta di file PDB.
- Mol* Visualizzatore: Un visualizzatore PDB basato sul web gratuito e open source che ti consente di visualizzare la struttura 3D delle molecole nel tuo browser web.
- JSmol: Un visualizzatore PDB gratuito e open source basato su Java che ti consente di visualizzare la struttura 3D delle molecole nel tuo browser web.
Per aprire un file PDB in un browser web, copia e incolla semplicemente l'ID PDB nella barra di ricerca del browser web. Il browser web caricherà quindi il file PDB e visualizzerà la struttura 3D della molecola.
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